相传施耐庵是牡丹花的化身，所以施耐庵一生酷爱牡丹，关于《水浒传》书稿的几番沉浮和牡丹花的几度荣枯有一个非常动人的故事。
据说施耐庵和明朝的开国军师刘伯温是上下村子人，打穿开裆裤两人就在一起，是屁股沾潭灰的朋友啦。后来上学，两人又在一个塾馆，投的一个师。说起他们的师父，可是个翻过大筋斗、见过世面的人。此人种过田，当过兵，做过官，跑过生意，脚李半个中国，可以说是行万里路，读万卷书的角色。晚年开帐授徒，一次只收四个学生。到施耐庵、刘伯温上学时，他就只收施、刘师兄弟俩。施耐庵和刘伯温都聪慧异常，老师一点就亮，根本不用多费劲。老先生常常捋着胡须得意地说：想不到临老结大瓜，晚年才教到这样两个得意的学生。于是精心传授学业，自己打算在施耐庵、刘伯温学成之后，也就关门大吉啦！
施耐庵较刘伯温年长两岁，做事稳重，三步一计，计计得中。刘伯温精灵些，一步三计，三计难活一计。刘伯温非常尊敬施耐庵这个师兄，施耐庵也很爱护师弟刘伯温，两人感情很好。
光阴似箭，日月如梭。转眼三年过去了。眼看就要满师结业。
一天，老师向他俩问道：两位徒儿，你俩学成了干啥？
刘伯温说：治国平天下。
你呢？
施耐庵说：老师，我想想。
当晚，施耐庵向老师回话：遇则治天下，阻则自己受。
刘伯温不大理解施耐庵的话，在一旁说：以大哥的才能，只会一帆风顺的，哪会有什么阻搁呢？
老师点点头说：施耐庵说得对。常言说，一树果子有酸甜，谁能保一根竹竿爬到头呢？
转脸又对两个门生说：明日你俩就结业啦，念师生之谊，你俩各送一朵花给我作个纪念吧！
当时正是十月，万物凋零。哪有花儿？这老夫子就是怪，要礼物也与众不同。刘伯温想了又想，就找了一朵迟开的绛红菊花。施耐庵想了想，就随手掐了一枝牡丹枝子。牡丹叶子一落，那黑瘦的枝子，就像枯了一样，哪有什么看像哩！他也不管老师喜爱不喜爱，就凌到荷包里。
第二天，两人向老师送礼物。刘伯温先呈上菊花。老师收下看看，颜色还可，虽然是迟点开，毕竟开了刘伯温这人将来发迹迟。没再有多想，又伸手向施耐庵说：你呢？
施耐庵从荷包里拿出牡丹枝子，双手递给老师说：喏，就是它。
老师看不到花，以为老眼昏花，就睁大眼睛瞅，还是看不到花。接到手，放到鼻子上闻闻，才晓得是牡丹枝子。老师不解地问：施耐庵，你怎么把枝子当花给我呢？
施耐庵回答说：老师，我平生最爱牡丹在，它不畏淫威，则天皇帝一声令下，百花都开，唯有它铁枝傲上，不改本性。现在不是牡丹开花的时候，我只好以枝代花。
老师点点头，虽然心里佩服，但觉得毕竟不是好兆头，心想，人各有志，不能相强。但是对施耐庵日后性子硬会吃亏，有点不放心。便对他俩说：你俩都是我的学生吧？
是啊！
施、刘两人嘴里虽这么说，心里也嘀咕着，老师今日怎么颠颠倒倒的呢？岂知老师有他的苦心，他已预见天下大乱即将到来，怕他们师兄弟各保其主斗起来。就说：将来，你俩不会翻脸不认人，师兄弟干起来吧！
刘伯温答得很脆崩，说：不会。
施耐庵慢腾腾地说：不会。
那好，那好。我还有一句话，望你们记住：同窗谊厚莫相忘，手足情深互提携。
连讲三遍，施、刘二人点头答应。老师当晚就设宴为他们饯别。次日清晨，施、刘两人拜别老师，刘伯温向东走了，施耐庵向西走了。各奔前程。
那时，元末农民大起义。施耐庵帮助张士诚起义，做了军师。张士诚没有队伍之前，对施耐庵言必听，计必从，很快地人马增多，队伍扩大，在全国也是响当当的一支人马。可是张士诚这人贪图享受，不能居安思危，每打下一座城池，他就选一次美女。施耐庵谏了九次，张士诚都不听。第十次，张士诚还是不听，施耐庵就挂冠而去了。就这，张士诚还是觉司，反而哈哈大笑说：施耐庵夫子，太愚拙了。根本不把施耐庵的知放在心上。施耐庵难过地离开了张士诚，就隐居在家里，过着耕种、写书、种牡丹的生涯。
朱元璋起义了。队伍打到长江，才遇到刘伯温，便拜刘伯温做军师。
话说这一年，刘伯温带兵从兴化经过。刘伯温对朱元璋说：主公，我有一个故人，家在这里，我想去看看。
朱元璋说：看就看呗，有啥说头。
我想请主公一道去。
是你的故人，又不是我的朋友，我去干啥呢？
刘伯温只得进一步说：此人上知天文，下晓地理，古往今来，诸子百家，无所不通，无所不晓，有经天纬地之才
朱元璋不耐烦，打断他的话说：军师，你干脆一点，挑开说比你咋样？
一个天上，一个地下。
朱元璋哈哈一笑说：得了，得了。你们读书人喜欢绕圈子，搞了半天，你不就是要我刘备请孔明吗？我去。
刘伯温大喜。
施耐庵在家听说朱元璋的队伍要从这里经过，想起老师临别的话，晓得师弟一定要来，就嘱咐家里人说：
无论来什么人找我，就说我出门访友，三年后才得回来。
家人点头答应了，施耐庵就躲起来了。
刘伯温带着朱元璋，骑着大马来到施耐庵家门前。刘伯温跳下马，敲大门，对家人说：快通报施先生，有老友来访。
家人说：家主出去啦，三天后才能回来。
家人把施耐庵嘱咐的三年，错听成三天。刘伯温就对家人说：
施先生回来，你告诉他，故人刘伯温和主公朱元璋来访，三天后再来，望他务必等候。
施耐庵听了他们对话，只是干急无法。朱、刘骑着马走了，他没有对家人发脾气，只是想着怎样应付这件事情。
施耐庵很像他的师父，脾气儿拙，他跟张士诚干过，就不愿再帮朱元璋干。好马不配二鞍嘛！再说施耐庵这人会看麻衣相，他看到朱元璋额大下巴小，好干绝情的事，就怎么也不愿再出山。无奈有老同学刘伯温这份盛情，他想，怎样才能让刘伯温死了这条心呢？当时施耐庵正在写《封神》，一看书稿，他乐了，说：让《封神》帮我度过这一关吧！于是，第四天，东方刚出现鱼肚白，施耐庵把书稿摆在桌上，就悄悄地连家人也不打个招呼下乡，跟老农拉呱去了。
三天后，刘伯温和朱元璋来了，家人把他俩迎进家中，让他俩在书房坐下，说：我家先生，早晨喜欢逛田埂，你们坐坐，我去找。
朱元璋坐下以后，便看到桌子上摆的《封神》书稿，就随手翻着看。朱元璋这人可怪咧，翻着书稿，从后面往前面看。看到书上描写的尽是些云里来，雾里去，土里遁的事，飘飘渺渺，不着边际，心里便有几分不乐，觉得这人太玄乎啦。便对刘伯温说：施耐庵这人太玄乎了，恐怕没有真才实学，不敢见到们。
刘伯温一听，急得满头大汗，陪着小心说：主公，这人确是有本事，你再看看。
朱元璋只得耐着性子，翻到前面，看到哪吒降生，朱元璋来劲了，目不转睛地边看着、边笑着，手还不断比划着。待看到哪吒闹海，朱元璋不觉诵出声来，拍案叫绝。向刘伯温问道：军师，东海叫他们写得真美哇，真美哇！这东海，可就是淮安城东那个东海？
刘伯温忙答道：就是的。这里人说，海向东流，江向北流。海就是东海，江是长江。
朱元璋眼不离书，点头称赞说：
施先生，有本事！
刘伯温听了，美滋滋的，也由担心到高兴，摘下帽子放在桌子边，耐心地等着。朱元璋还是专地看着《封神》，丝毫不急，看样子是非把施耐庵等到不可。看着，看着，朱元璋看到哪吒与李靖闹僵了，迫父，追父，以致要杀父，他眉头皱了个大疙瘩，把书稿推到一边。心想，施耐庵在唆使人犯上作乱。他不高兴了，试想如果都要照施耐庵的做，子迫父，臣迫君，他姓朱的还能坐江山吗？坐了江山还能长吗？朱元璋伸了个大懒腰说：
军师，算了。我们队伍齐整，人手不缺，我不想请他了。
刘伯温吃了一惊，呐呐地说：主公，这这
别这那的，我们走吧！
刘伯温叫朱元璋搞得没法子。朱元璋起身，他只好跟在后面。走着，走着，刘伯温忽然说：
主公，你等一步，我的帽子忘了，我去拿来。
成。
刘伯温回到书房，就提笔在书稿上写了八个大字
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顺手拿起帽子，谁想帽子底下，竟是一幅丹青。画面上是个河面，一个渔翁，正倚着牡丹丛钓鱼呢。刘伯温看那渔翁怪面熟的，瞅了瞅，想不到竟是自己。刘伯温恍然大悟，收起了画原来，这是施耐庵用画指点刘伯温。果然，明朝建国后，刘伯温便失踪了。朱元璋火烧庆功楼，所有功臣都没跑掉，唯独不见刘伯温，这全亏了他师兄施耐庵的指点。
刘伯温戴上了帽子，收起了画，赶上朱元璋。两人走到东海，朱元璋停马看看，觉得一个小小的内湖，叫施耐庵写得如此浩渺，想起刘伯温说施耐庵有经天纬地之才，心里一怔：此不清除，留下是祸根，不杀不得了。遂下决心杀他。
施耐庵回来后，看到刘伯温的八个字，就打算搬家。他是慢性子人，加上他家园里那株牡丹，长得鲜活美丽，时当五月，正是绿叶肥，蓓蕾壮，花枝招展之际，他舍不得花，又想不出转移的好点子，拖延了时间。
朱元璋这人心毒手狠，主意定了，就干。他怕刘伯温是施耐庵同学，做人情，暗中放了他。杀施耐庵之事，未让刘伯温去执行，也未让刘伯温知道，暗中派了另一个大臣去执行。其实刘伯温已看出了，回南京后，明朝忙着建国，戍边任务重，刘伯温就把这任务交给苏北地区，十八岁至四十岁的全在内，这一下就把施耐庵拉到兵营里，遣着去戍边。等到大臣下来杀施耐庵时，施耐庵已经开拔走了。
刘伯温一生是三计难活一计，为啥这次一计一活呢？原来是他老师教的。刘伯温告别老师时，老师又咬着朵嘱咐几句：施耐庵脾气犟，性子慢，如果敬酒不吃，你就让他吃罚酒吧。刘伯温抓施耐庵去戍边，比朱元璋派人杀他早了两天。
施耐庵被抓去戍边，临行时把书稿捆好，交给妻子说：如果我走了，牡丹花还开，你就烧稿嫁人。
妻子流着眼泪，说为啥呢？
施耐庵说：花荣人死，花枯人活。
施耐庵又说：牡丹活了，你就守着枯枝牡丹，看着书稿。
妻子说：我记住了。
施耐庵走了，妻子就除妆下地，守在家里。
原先，人们都晓得施家牡丹有名，断不了来看。谁施耐庵一走，花也有灵，看着花谢了，苞子落了，叶子瘦了。人们也不来看了。这时，那带着杀人命令的大臣来抓施耐庵，人们说：施耐庵出去寻医牡丹花的药去了。大臣抓不到人，一气之下，吩咐兵丁把牡丹打得七零八落。
兵丁一走开，施耐庵的妻子把打折的枝子都捡堆在一起，哗哗的泪水洒在枝上。第二年，牡丹还是发了芽，只长几片叶子，花苞再也不见了。逐年瘦小，到第九个看头竟枯了。老婆听施耐庵的话，一直守着枯枝牡丹，看着书稿。
那时戍边，十年期满放归。去时，施耐庵四十岁，回来时已五十岁了。妻子一见，悲喜交加，说：你的话还真录验啦！
两人高兴得抱头大哭。哭后，妻子把书稿交给他，指着枯枝牡丹说：
先生，牡丹也在，书也在，人也在，你还写书吗？
施耐庵高兴地说：花还要开，书还要写。
于是，他整治了花圃，扫去败叶死枝。说也怪，第二年春上，竟发来芽来，到五月竟开出花来，万紫千红，满目芳菲，盈盈艳色，花枝俏丽。施耐庵异常高兴，一则牡丹色彩奇异花枝招展，引人入胜；更重要的是它不畏强暴，忠于主人的高贵品质，令人赞叹。他激动地说：花如其主，花如其主。
当下挥笔写了一首诗：
牡丹曾是亲手栽，
十度春风九不开；
多少繁华零落尽，
一枝犹待主人来！
于是，他对着艳丽的花儿，日夜写书，终于又写成了另一部书稿《水浒传》。
