岭南三大家陈邦彦，以及陈子壮、张家玉等人组织的抗清斗争中，积极组织抗清活动。不过到底民间力量弱小，这次抗清活动不久就失败了。陈邦彦等人被清廷俘虏，不久之后被处死，家族也被株连。
屈大均侥幸逃过一劫，并且在陈邦彦等人遇险之后，冒着暴露的生命危险，前往收敛这些义士的遗骸。他曾经去过肇庆，在那儿向南明永历帝呈《中兴六大典书》，授以中秘书，后因父亲去世，再次返回广州。
清顺治七年，清兵再次包围广州，大肆搜捕反清义士。屈大均为自保避祸，来到番禹县雷锋海云寺削发为僧，法名今种，字一灵。他给自己的居所，取名死庵，意为宁死不为清廷所用。
清顺治十三年，屈大均开始云游四海，入会稽至南京谒明孝陵，又上北京，登景山寻得崇祯死所哭拜。这期间与明朝遗臣顾炎武、李因笃、朱彝尊等交往。虽然打的是化缘的名号，但实际上屈大均仍然没有忘记反清。云游四海，实际上是对各地山川险阻的考察，暗中图谋光复大业。
他在会稽与魏阱、祁班孙等秘密联络郑成功，后张煌言率军沿江而上，克芜湖，取徽、宁，下州县三十余。他多次向郑成功等人递交情报，希望能引导郑成功一路攻克南京。
清顺治十三年，屈大均来到南京，参加祁氏兄弟的抗清活动。两年后魏阱、钱瞻百、钱缵曾、潘廷聪等义士被杀，屈大均避祸桐庐。
康熙十二年，平西王吴三桂举起反清大旗。屈大均听闻之后，当即前往云南参加反清大事，被吴三桂任命为广西按察司副司监督孙延龄军。吴三桂打着反清的旗号，实际上目的是为了保证自己的利益，行争霸割据之实。这个事实于屈大均反清复明，光复大业相背离，在察觉到事实的真相后，屈大均便称病辞职，再次返回广州。
等到康熙十三年，台湾被清廷攻下之后，屈大均停止反清活动，开始将自己的心思专注于著述之中。他的《广东新语》就是在这个时候成书，记载了广东的天文、地理、矿藏、草木、动物、文化、民族、习俗等方面的资料，被认为是一部史料价值甚高的广东地情书。
康熙三十五年去世，所著《皇明四朝成仁录》被认为有反清情绪，在雍乾隆焚毁。
屈大均除了是著名学者之外，还是著名诗人，被称为岭南诗界的三大家。
《雨过三峡桥上作》
二十四潭争一桥，惊泉喷薄几时消。
一山瀑布归三峡，小小天风作海潮。
《壬戌清明作》
朝作轻寒暮作阴，愁中不觉已春深。
落花有泪因风雨，啼鸟无情自古今。
故国江山徒梦寐，中华人物又销沉。
龙蛇四海归无所，寒食年年怆客心。
查看更多十大寓言故事相关内容,请点击: 十大寓言故事
