随着战争的升级，纳粹加强了对犹太人的迫害，许多犹太人被送进奥斯威辛集中营，甚至被当众枪杀，还有不少犹太人由于缺乏粮食和药品，病死或饿死了。辛德勒亲眼目睹了许多犹太人悲惨地离开人世。
有一天，盖世太保到工厂来巡视，看见一个名叫林莫斯的犹太老人满脸忧伤、步履蹒跚地走过院落。盖世太保问辛德勒，那老头为何这样没精打采。辛德勒回答说，那是因为老人的妻小在几个星期前撤离犹太人居民点时死去了。盖世太保的头目听了后，竟立刻命令随从开枪打死林莫斯：让他到天堂去与他的家人团圆吧!把裤带解开，然后开步走!随从对老人叫道。林莫斯只得听从命运的摆布。
你这是在破坏我这里的纪律!辛德勒忧心忡忡地说，可是那个随从只是冷冷地笑了一声。你这样做会严重损害我的工人们的士气，辛德勒脱口喊道，这会影响正常生产的!但是，那个盖世太保还是拔出了手枪。辛德勒赶紧大叫道：放了他吧，我送给你一瓶杜松子酒!听到这话，那个随从竟收起了枪，拉起惊魂未定的辛德勒就到办公室去取他的酒了。
此后，辛德勒决定利用自己的工厂保护更多的犹太人。他利用德国占领军制造战争物资时需要专业技工的机会，修改了许多普通犹太人的档案：老人成了青年，儿童成了大人，律师、医生等被写成了机修工、绘图员等。与此同时，辛德勒每天晚上都要周旋在德国军官和盖世太保之间，与那些有权势、有影响的人物结为朋友，请他们不要到自己的工厂随便杀害有用的犹太人，并安排更多的犹太人到他的工厂工作。
辛德勒最想做的事是帮助那些被关在普瓦索夫集中营里的犹太人。当时，在波兰的其他集中营里，德军早已开始了对犹太人的大屠杀，所以辛德勒十分担心关在普瓦索夫的犹太人也会被杀害。一天黄昏，辛德勒找到了德国占领军的军需总管，他劝说那个总管建立一座生产军需品的工厂，厂里全部使用普瓦索夫的犹太人当工人，这使得那里的犹太人暂时躲过了杀身之祸。这件事也使辛德勒与普瓦索夫集中营的司令官阿曼格尔夫之间建立了友谊，因为这位司令官发觉，由于有了这个工厂，自己的地位提高了不少。于是，辛德勒又以节约上班时间为由，把工人从集中营搬到工厂附近的附属营地。从此以后，辛德勒就可以比较方便地将食物和药品送进集中营了。
1944年春天，在苏军的狠狠打击下，德军从东线全面撤退。普瓦索夫集中营及其附属营地接到了撤离的命令。其实所谓的撤离，就是对犹太人进行集体大屠杀。辛德勒认为关键时刻到了。此时，他动用了他所有的朋友，并在当地以及华沙的军政要人身上猛下功夫：行贿、游说、哄骗、乞求、磨蹭，最后终于获准将700名男工和300名女工迁移到他家乡附近的布林尼兹市的一家工厂，使这些犹太人逃过了大屠杀。在此期间，由于苏军在东线节节获胜，在德军撤离奥斯威辛以及其他集中营时逃脱出来的不少犹太人，也都得到了辛德勒所提供的收容和保护。辛德勒甚至壮着胆子要求盖世太保将所有被他们追捕到的犹太逃犯都交给他，理由是这有助于扩大军需品的生产能力。
辛德勒为了救犹太人，不但把工厂的利润都花光了，还用去了自己所有的积蓄，他甚至变卖了妻子的首饰，以换取犹太人迫切需要的食物、服装、药品以及用来贿赂盖世太保的杜松子酒。他还以高价从黑市买来医疗设备，开办了一家专为犹太人服务的地下医院，他的妻子爱米丽则亲自在这家医院里担任为病人做饭和护理的工作。
更值得一提的是，在第三帝国行将崩溃的那些日子里，有一天深夜，辛德勒接到了一个从火车站打来的电话，问他是否愿意收容两车厢快要冻僵的犹太人。10天前，纳粹分子将100名犹太人锁在了这两节车厢里，列车长得到的命令是将这批货物送到任何愿意接收他们的工厂。但沿途各工厂在得知这些犹太人的情况后，没有一家工厂愿意收留他们。辛德勒听说后，毫不犹豫地接收了这些犹太人。
当时，室外温度达零下15℃，那两节车厢就像是两座冷库。车厢门上的锁已经完全被冰冻住了，人们用斧子和乙炔焊枪好不容易才打开了车门。当那些犹太人被抬下车厢时，就像是一条条冷冻的猪肉。有13个人已经死了，其他的人也已奄奄一息。辛德勒与他的妻子爱米丽带领着人们赶紧抢救其他的人。尽管后来又有3个人死去了，但其他人却在辛德勒等人的精心治疗和护理下，渐渐恢复了健康。对这些犹太人所采取的医治救护措施，都是在秘密状态下进行的，病人也只能偷偷摸摸地养病，以免被盖世太保发现后视为废人而枪毙。好在辛德勒早已花大钱买通了工厂里的那些德军警卫人员，他们才没有向盖世太保告发这件事。
不久，苏军解放了布林尼兹。几天后的一个早晨，当辛德勒确信他属下的犹太人已无生命危险时，他和妻子悄悄地离去了。作为一家纳粹集中营工厂的老板，他担心自己会因为苏军的误解而遭到不测。这时，辛德勒已经从一个富翁成了一个身无分文的穷人。
在很长一段时间里，人们甚至不相信辛德勒所做的一切，认为他是个骗子。直到战后很多年，一些历史文件被披露，才证明辛德勒是个伟大的人。如今，以色列人称辛德勒为正义的异教徒，他的遗体也被安葬在耶路撒冷，人们还拍了一部电影《辛德勒的名单》来纪念他。
