远古时代，凡人放纵自己的行为，犯下种种让神难以饶恕的罪行。人类的罪孽传到主神宙斯耳中，这让他十分吃惊。宙斯决定扮作凡人亲自到人间看个究竟，结果发现实际情况比传闻要严重得多。宙斯回到奥林匹斯山后，立刻召集众神商议此事。经过一番商量，最后宙斯决定发一场洪水毁灭人类。
宙斯的弟弟、海神波塞冬也参与了这场毁灭人类的浩劫。他向海洋河川发布淹没人类的命令。同时，波塞冬还挥动三叉戟撞击大地，摇动地层，为洪流开路。在宙斯和波塞冬神力的共同作用下，人间遭遇了一场前所未有的浩劫。暴雨不停地下着，海水不断地涨着，洪水淹没了耕地，冲倒了树木，冲毁了房屋。转眼间，曾经繁荣美好的人间变成了汪洋大海，人类遭遇了从未遇到的灾难。
面对突如其来的灾难，人类想尽一切办法逃生，有人爬到最高的山上，有人驾着小船逃跑。但是由于洪水过于猛烈，人们要么被洪水冲走，要么饿死在荒山野坡上。过了几天，人类和其他所有的生物全被洪水吞没了。先知者普罗米修斯预见到了这一惨状，为了拯救人类，不让人类全部覆灭，他事先修造了一艘坚固的小船，让儿子丢卡利翁带着儿媳皮拉登上了小船。小船在浪涛上颠簸漂泊，漂流了九天九夜，一直漂到珀耳那索斯山上。
当宙斯再次俯瞰人间时，只见大地白茫茫一片，千千万万犯下罪行的凡人不见了，只留下两个善良并且敬畏神祇的人。这一结果让宙斯十分满意，于是施展神力驱散了乌云，太阳重新露出笑脸，一直下个不停的大雨终于停止了。波塞冬也停止了对人类的惩罚，他让洪水返回江河湖海，大地又恢复了原来的样子。
洪水全部退却后，丢卡利翁和皮拉从小船上下到陆地。呈现在他们面前的是一片荒废、死寂的世界，二人不禁伤心地哭泣起来。他们来到正义女神忒弥斯的圣坛前，请求众神让人类重新繁衍生息，让世界再次繁荣起来。女神回答道：“从我的圣坛离开，蒙上你们的头，解开你们的衣服，把伟大母亲的骨骼掷到你们身后。”女神的话让他们困惑不解，经过一番苦思冥想，丢卡利翁想到大地是人类的母亲，那么她的骨骼就是石头。他们将信将疑地转过身子，蒙住头，再松开衣带，然后按照女神的命令，把石块朝身后扔去。这时，奇迹出现了：石头突然不再坚硬，而是变得柔软，人的模样开始显现出来，可是还没有完全成型。渐渐地，石头上湿润的泥土变成了一块块肌肉，结实坚硬的石头变成了骨头，石块间的纹路变成了人的脉络。最令人吃惊的是，丢卡利翁往后扔的石块都变成男人，而妻子皮拉扔的石头全变成了女人。这样，人类重新开始繁衍生息。
