秦国从商鞅变法以来，以法家为主流。秦朝建立后，秦始皇崇尚法家，采纳李斯以吏为师、以法为教的主张，但对儒家也有所兼容，仅从他在巡游中刻石所立的碑文，就有作制明法，臣下修饬贵贱分明，男女礼顺端平法度，万物之纪。以明人事，合同父子。圣智仁义，显白道理皇帝明德，经理宇内，视听不怠，作立大义秦圣临国，始定刑名，显陈旧章。有子而嫁，倍死不贞(《史记秦始皇本纪》)等的记载。
秦始皇也信奉阴阳家。司马迁说他推终始五德之传。至于他对与先秦道家和汉代道教有渊源关系的神仙方术，更是信奉到痴迷的程度(《史记秦始皇本纪)》)。
在秦始皇的影响下，秦朝思想学术活跃着四种社会思想：
①法家。以李斯为代表，是社会的主流意识。李斯曾从荀子学帝王之术，后人秦，建议明申(不害)、韩(非)之术，修商君(鞅)之法，执法必严，才能移风罗俗，民以殷盛，国以富强使秦成帝业，得到秦始皇的赏识和重用，先为客卿，后升为廷尉、丞相，是助秦始皇统一天下的股肱之臣。但他并不是纯之又纯的法家。因为他曾从学荀子，受到过儒家的熏陶，其法家思想中也存在着儒家的因子。他在楚国为小吏时，曾立志要做贤人，把不肖之人鄙视为窃食的鼠类;到秦国以后，又公开颂扬五帝三王的功业(史记李斯列传》)。
至于焚书坑儒是否彰显了李斯法家的个性，似乎并非如此。因为焚书和坑儒是发生在不同年代的两个事件，坑儒和李斯没有直接的关联，而焚书则是出于政治上的考量。
事件发生在始皇帝三十四年(前213年)。原因是儒学家淳于越反对废诸侯、立郡县，宣称：事不师古而能长久者，非所闻也。(《史记秦始皇本纪》此言既出，立即受到李斯的严厉批驳，斥责儒士、诸生是以古非今，不知时事变异的愚儒。为了抑制儒家的气势，消除政体改革的思想障碍，他请求发布得到秦始皇认可的焚书命令。值得注意的是《秦记》(秦代史书)和博士所用的《诗》、《书》、诸子百家的著作，以及医药卜筮种树之书不在焚烧之内。而对民间所藏《诗》《书》，只有禁令，未见记载有查禁的行为(《史记秦始皇本纪》)。
严格说来，李斯只是把弘扬法家政策作为政治上的工具。到秦朝后期，为了挽救摇摇欲坠的秦政权，他甚至建议秦二世灭仁义之途，掩驰说之口，困烈土之行，独断专行，以严刑峻法治国(见《史记李斯列传》)，从而把法家思想发挥到极致，即使如此，他仍然没有背弃儒家君君、臣臣、父父、子子这一重要的政治观念。
②儒家。以淳于越为代表。他是先秦时期儒学中心齐鲁之地的齐国人，其学术可能源于齐国的稷下集团。他是秦始皇可能仿孔子七十二弟子的旧例所设置的七十名博士官之一。侯生、卢生说秦始皇置博士虽七十人，特备员弗用(《史记秦始皇本纪》)。这是不符合史实的。博士们掌管和解释《诗》、《书》，以及诸子百家之说，向诸生传授孔子关于忠君、爱国、仁民的道理，诸子皆诵法孔子。
秦始皇每次朝议，都有博士参与，每次巡游，都有博士、诸生随从。他在五次巡游中所刻碑文，有的可能出自博士的手笔，并曾在鲁地与当地的儒生登泰山封禅祭山川。对有所不解之事，也曾向博士、诸生询问。他的嫡长子扶苏更是儒学的信奉者，因不赞同坑儒，被秦始皇逐出京城到蒙恬所在的上郡(治所在肤施。今榆林东南);秦始皇死后，赵高与李斯密谋下诈诏，命扶苏自杀。扶苏不听蒙恬告诫，而以父而赐子死，尚安复请的儒家道德观，当即自杀，被司马迁称为人仁。儒家是秦朝社会的非主流意识，但其威望却不可小视。
③阴阳家。根据《史记》记载，阴阳五行学说是由秦始皇所提倡。在他自称始皇帝以后，为了寻找改朝换代的理论根据，从阴阳家那里得到启示。邹衍等人把土、金、木、火、水五种物质元素人格化，统称五德，认为五德将依其顺序不停地更替循环，这是历史永恒不变的现象。由于传说中的周王朝是火德，而水能灭火，所以秦始皇不仅用水德为法家立论，而且宣称秦代周德，从所不胜，是更王换代的历史必然(《史记秦始皇本纪》)。后来阴阳家的思想经过西汉董仲舒的发挥和东汉执政者的渲染，逐渐与汉朝儒学和谶纬经学合流，仍然影响着两汉的思想学术界。
④神仙方术。以韩国客卿侯生，以及卢生为代表。这不是一般的鬼神之术。它之所以成为秦朝的一种社会思想，是因为方术之士汲取了老子的长生久视和庄子的真人之说，宣称可为人主求得不死之药，成为入水不濡，入火不藝，陵云气，与天地久长的真人。这种说法又成为汉朝方仙道的思想来源。其影响之大，刻在始皇帝二十八年(前219年)琅玡碑文中的体道行德四字，就可说明神仙方术与道家经典《道德经》的某种联系。这深得秦始皇的痴信，他派方士韩众、徐市出海寻访仙药，耗资巨万，不仅终不得药，而且他们还不辞而别，一去不返，加之有人告发卢生的不轨，乃在始皇帝三十五年(前212年)爆发了坑儒事件。此后，秦始皇还是相信蓬莱药可得，可见，神仙方术并未在秦朝绝迹(见《史记秦始皇本纪》)。
由此可见，秦朝时期绝不是仅有法家思潮的，正是这四种不同思潮的共同作用，才形成了秦王朝的政策演变历程，单以片面的某种思想，是无法圆满解释历史现象的。
