成为校长时的朱清时已经62岁，他说，打动他再出山的，是这些年从未放下的对中国教育改革的思索。我们都是坐在火车里的人，突然发现火车走错方向了，但是这个时候谁也不敢跳车。去南科大，就是做实验。我把世界一流大学建校的理念和做法完全照搬过来，就是要试试这些东西在中国体制下会遇到什么困难。
为教改点亮一盏灯
接受校长一职时，朱清时提出的第一个要求就是去行政化，由自己兼任党委书记。他想着能推行在中科大时无法进行的改革，能在南科大得到突破。他的理想，就是行政权力不介入学校管理，校领导不设任何行政级别，靠自身影响力和对社会的贡献，赢得认可。
作为一所历经3年才被批准筹建的大学，招生就是一步迈不过去的坎。按照制度，从筹建到正式建校招生，需要1到5年时间。再从专科开始，升到本科，一步步申请硕士点、博士点，办成一所研究型大学，至少要二三十年。朱清时继而决定自主招生，自授文凭，进而绕开高考及背后的整个教育体制。
南科大之于今天的高等教育，就像当年深圳之于中国经济，被寄予厚望，无怪乎舆论的关注。随后，首批教改班有4人退学，3名港科大教授退出，深圳市公开选拔正局级副校长，招生方案更改为6+3+1模式（采用高考成绩占60%，南科大复试成绩占30%，高中平时成绩占10%）这些都与建立南科大的初衷去行政化、自主招生、自授学位背离，当南科大在改革实践中不得不做出诸多妥协时，对教改失望已久的人们再一次惋惜，朱清时改革失败的评论因此尘嚣直上，朱清时自然是不同意的，都在一点点推进，只是推进速度慢，大家看了觉得不过瘾。
南科大的教师陈锐认为学校在朝着目标稳步发展，也相信去行政化和自主招生等改革最终将实现。但因理念不同，撤出南科大核心团队的香港科技大学教授则认为，去行政化其实是个似是而非的伪概念，而自主招生，自授文凭也绝对不是高教改革的核心。高校的自主招生权，自授文凭权无异于只追求形式而忽略质量。
朱清时自然是掌握这些评价的，尽管都没有最后成功，但做出了很实在的头几步。
朱清时并不希望自己是南科大的形象代言人，如果说最初的高调是为了让社会知道南科大要做什么、怎么做。在大家知道之后，朱清时宁愿回归低调，更希望用一盏灯来形容这样的作用，就像南科大校徽一样，点亮了一个火炬、一盏灯，影响了很多人的观念，把改革具体化，并都在做，做得还不坏，没有失败，就是很大的成功了。
朱清时的四个瞬间
2009年，当为南科大遴选校长的猎头公司找到朱清时时，他正在故宫博物院当客座研究员。不久后，南科大筹建办主任梁北汉等人亲自拜访了他，希望他到深答辩。我就跟他们说，我肯定不能去。因为我刚从中科大退休，就跑去竞聘一个岗位，中科大校友的感情会受到伤害。
没想到，为照顾朱清时的这个面子问题，深圳真的把答辩环节取消了。朱清时终于被打动，答应出任南科大创校校长。
2010年6月，那正是南科大筹建最困难的时候学校尚未获得批准，校园建设面临层层阻力。朱清时罕有地发飙，历数政府部门多宗罪：我来是办学招人才的，如果连些基本条件都满足不了，我无法往前走了。
朱清时说，政府请他来时，承诺了许多特殊政策。但到了深圳，他却发现自己的权力极小。比如学校楼顶漏水，多么简单的事，赶紧叫人来修啊。但政府说不行，要先提出方案、报价、招标！学校里的灭火器坏了要更新，报批；专家们入住简陋的学生宿舍，要求买个冰箱，还是要报批。后来，据说朱清时找到当时的深圳市领导理论，开了几次协调会，才终于争取到1000万元的机动经费。
再如，深圳市已完成南科大校园设计方案的招标：一栋栋高楼包围着矮山，到处都是连廊。朱清时看后坚决反对。他认为大学应该厚重、环保、实用，甚至自己邀请了一个校园规划顾问团。最后，深圳市府妥协，对旧方案进行了修改。朱清时事后回忆说，这涉及原则性问题，必须坚持，即使得罪人也会提出来。
2010年12月18日，一场史无前例的自主招生，自授文凭招生说明会引来了近千人。朱清时慷慨激昂讲了三场，每一场都饱含感情。
一位当时参与招生说明会的家长说：我们到得早，一开始只有几位家长，后来人越来越多，很多挤在过道里和门口。开完宣讲会，天已经全黑了。我们回去就决定填报这个学校。一名学生家长说，改革总是要遭到争议的。但有朱校长在，她就有信心。深圳一所中学校长说，朱清时最大的贡献，是在平静的教育界掀起了一阵改革风波。
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