天真的大学教授
1926年，无论怎么努力也无法摆脱经济危机的顾颉刚去了厦门大学，成为鲁迅的同事。
有趣的是，等他要去中山大学投奔好友时，鲁迅也因为不满意厦大的情况要来广州。两人本无多少矛盾，但因大学复杂的人际关系的原因，彼此之间的学术风格差异演变成剧烈的冲突。
无奈之下，顾颉刚只好答应林语堂的邀请，前往遥远的厦门大学任国文系主任兼国学研究院主任。顾颉刚本不想去，但为了生计，只得去了。
1926年8月，顾颉刚抵达厦门后，林语堂给他换了聘书，改为研究教授。顾颉刚有些惊讶，林语堂只说因为顾颉刚新近出版了《古史辨》第一册，地位比以前更高了。
也许林语堂认为顾颉刚身兼两大主任，职称却不如手下的鲁迅等人高，所以才会如此周旋，以便把顾留住。
其实，顾颉刚要求不高，他只想能读书，给他不错的薪水和科研条件就够了，但厦大国文系及国学院要想在学界扬名。确实得有名气的大学者来挂帅，新近暴得大名的顾颉刚可谓是再合适不过的人选。
可国文系及国学院的人并不都像顾颉刚那样缺少心机，学界的人心以及人际关系就是如此复杂，顾颉刚、林语堂以及厦大所有的人都被卷入这种复杂的局面，以至哪一方都不能实现从心所欲。顾颉刚在厦大的苦乃是无法安心做学问。
天真的他安顿下来后，便写信对老师胡适说：
厦门素无文化，生活颇为干燥。但我志在读书，只要无杂事烦扰，亦可安居乐业。
他真是太天真了，哪里知道人家正在背后不断地给他制造烦恼，使他早点走人。他与同仁的一切冲突或许都可以归结为学术文化差异实在太大，一方面有些人不像他那样以做学问为真生命，另一方面，有些人喜欢做的学问与他喜欢的不一样。前一类人看重的是位子，后一类人则看不起顾颉刚做的那种纯粹考证的学问。
顾颉刚本人一直没法回避冲突，他才来几个月便决定离开了。
他去了新组建的广州中山大学。好友傅斯年1926年底回国就任了中大的文学院院长，能与学术风格相似的好友共事，况且中大眼下经费充裕，薪水稳定。
此时鲁迅已提前去了，且不知道顾颉刚也要去；而顾颉刚仍要去，是想此行可以让外界传言他与鲁迅为敌不攻自破。可鲁迅不愿和解，声称只要顾来他便走人，以至于校方安排顾颉刚前往上海为审太采购图书资料。
顾颉刚带着一笔经费在上海、江浙、北京转了4个月，尽情搜集经史子集、档案、地方志、家族志、个人生活之记载、账簿等16种社会文化生活资料，共计12万册，自己过足了史料瘾，又为中山大学开展高水平的史学及民俗研究奠定了坚实的基础。
还是北京适合做学问
1927年1月，顾颉刚回到中大后，鲁迅早已远走上海。顾颉刚任历史学系教授兼主任，讲授《中国上古史》、《古代地理研究》、《孔子研究》、《春秋研究》等课程，主编语言历史研究所周刊，发起民俗学会，教学更是深受学生欢迎。
彼时主持校务的朱家骅是信任顾颉刚的。由于朱常会接触一些书商，他得知顾颉刚替中大购书时自己要的书没花公家一分钱，以至于书商都说从未见过如此为公家做事的人。顾颉刚向他申请科研经费，他无不批准。
可不久问题出现了，由于得势以及他来校不久便取得了很多学术成绩，同事又开始对他侧目而视。顾颉刚知道暗中作梗的教授们也是北大出身，且比他资格老，但他们出不了什么成绩，又不期望别人出成绩。
这样让顾颉刚感到失望。于是他想回北京。学生们群起反复挽留，直到没有办法挽留后又自发组团为老师饯行。
1928年春，燕京大学再度给顾颉刚寄来聘书，说从哈佛大学得到一大笔研究基金。只等他去做研究。顾颉刚决定前往。傅斯年得知后非常气愤，扬言若离开便到处毁坏他。朱家骅那边同样难以请辞，以至于拖了近一年，顾颉刚方得以脱身，到1929年才正式到燕京大学就职。
燕大的确适合他。学校史学领衔人物洪业与他同年，且志趣相投；另一位大将邓之诚也以做学问为自己在大学里任职的第一使命。顾颉刚的教授生涯总算有了欣慰的体验，其间他对钱穆的发现、相知与提拔亦可说明这一点。
因得意门生而起的爱恨情仇
在燕大，打击他的不是别人，竟是自己的爱徒。
从中大来北京时。顾颉刚带上了一位爱徒何定生，后者天资聪颖且有志于学，乃至为了追随顾师甘愿退学。顾颉刚有意要培养何定生，并承担起了他在北京的生活费用。
或许因为过于敬佩老师的学问，抑或想尽快报答老师的恩情，何定生趁老师回苏州老家为父做寿之际，在老师主持的报社出版了一部《关于胡适之与顾颉刚》，其中对胡适进行了批评，以显示顾颉刚的学问其实已超过了学界领袖胡适。
此书犹如在学界投下了一枚炸弹，顾颉刚与老师胡适的深厚交情因此出现裂痕。这件事可以说是顾颉刚有生以来遭遇的最沉重的打击，胡适可是他恩重如山的老师!
