嘉靖；万历以来，随着社会矛盾的加深，统治阶级内部不同政治集团之间的矛盾也达到白热化的程度。
世宗朱厚熄以藩王人继帝位，作为其伯父、孝祐樘的继承人做上了皇帝。但是，从血缘关系看，世宗的父亲是兴献王朱祐杭。那么，即位后的朱厚熄是要称自己的父亲为皇考(即父亲)，呢，还是称孝宗为皇考？世宗下旨令群臣讨论这个问题。朝臣在这个问题上发生了分歧。以杨廷和为首的一振主张应遵循封建礼法，称孝宗为皇考，称兴献王为皇叔；而以张璁为首的一派则迎合世宗的旨意，认为继统不继嗣，应称兴献王为皇考，称孝宗为皇伯考。两派争了三年。最终以世宗作后台的张璁派取胜，反对派一百三十四人被廷杖下狱，十六人被杖死，还有一些被谪戍或罢官，而张璁因迎合世宗旨意得宠，取得了内阁首辅的地位。统治阶级内部这场大辩论，封建史家称之为大礼议。大礼议之争的实质是官僚集团争夺内阁首辅权位的利害冲突；嘉靖、隆庆两朝，各派官僚对内阁首辅权位的争夺从无间断，任何一个新任首辅莫不是踩在旧任的肩膀上而上台的。倾轧排挤，此上彼下，纷争不已。
不过，嘉靖朝官僚集团之间的斗争虽然激烈，还没有形成固定的门户。到了万历朝，由于社会危机的加深，各派官僚集团的政见不同，政治权力和经济利益的利害冲突发展到了高峰，因而统治阶级内部的矛盾斗争更为尖锐复杂，党争也就更加激烈。他们联帮结派，势同水火，激烈的斗争一直持续到明王朝覆亡时为止。
党争的尖锐化是从万历朝的争国本开始。
明神宗朱翊钧的皇后无子，王恭妃于万历十年(1582年)生下朱常洛，郑贵妃于万历十四年(1586年)生下朱常洵。王恭妃无宠而郑贵妃最得神宗宠爱，因而，郑贵妃就恃宠企图为其子朱常洵谋取皇位继承权。但是，当时的一些大臣根据封建宗法制度的所谓有嫡立嫡，无嫡立长的原则，屡次上书请立皇长子常洛为太子。神宗意在常洵，对册立太子的事一再推托延迟。于是，舆论蜂起，有怀疑郑贵妃从中作梗的，甚而攻击执政，痛责首辅申时行阳附群臣之议以请立，而阴缓其事以内交，说他和王锡爵依违其间，不敢秉公力争。申时行在舆论的压力下，被迫辞官。但是，另两位力请立朱常洛的辅臣许国、王家屏，也因忤神宗意，被斥出阁，归家。这个问题争了十五年，一直到万历二十九年(1601年)，神宗才册立朱常洛为太子。封建地主阶级认为太子乃天下之本，所以把这一场争吵叫做争国本。
在争国本时，吏部文选郎中顾宪成力主册立朱常洛，并率先责备王锡爵，和他交章论辩，使神宗皇帝内心非常不满。万历二十二年(1594年)，在推举阁臣时，顾宪成推举因拥立朱常洛为太子而被解职的故首辅王家屏，再次忤神宗意旨，因之被罢官回老家无锡。无锡城东有座东林书院，是宋朝杨时讲学的地方。顾宪成和弟弟顾允成等人便倡首把它修复。
修复后，顾宪成和高攀龙、钱一本等一些志同道合的朋友就在里面讲学，每年一大会，每月一小会。当时一些对世道看不惯，和当局合不来的所谓抱道忤时、退处林野的士大夫，纷纷闻风响附，来的人多得连书院都容不下，这些不得志的士大夫讲学之余，在东林书院讽议时政，臧否人物，自负气节，和当权派相对抗。他们的言论得到社会上对现实不满的地主、官僚、知识分子和商人的支持，朝中和他们同观点的官僚士夫也与其遥相呼应。东林书院无形中成为社会舆论的中心，反对派就把他们称为东林党。
浙江宁波人沈一贯善于迎合神宗旨意，于万历二十二年人阁，从三十年(1602)始任首辅。
他纠集浙江籍京官，专与东林党人作对，被称为浙党。此外，还有齐党、楚党、宣(安徽宣城)党、昆(江苏昆山)党等，都是以地缘关系串通为帮派体系，其中浙党势大，齐、楚诸党依附于它。他们联合攻击东林党，被时人看作邪党。两大派展开激烈的争夺，互相倾轧，各不妥协。
在激烈的斗争中，各党都利用京察的机会作为排挤打击对立派的手段。所谓京察，原是明朝政府考核京官的制度，规定六年考核一次．每逢巳、亥年进行。在京察中，根据官员的政绩、品行，分别给了升任、降调或罢官等奖惩。凡是在京察中被罢官的，终身不复起用。因而，各党都恨不能置对方于中察典、被罢官的境地。京察时主持察典的是吏部尚书、都察院左都御史、吏科都给事中、河南道御史和吏部文选郎中，因此，这几个职位就成为各党激烈争夺的中心。万历三十三年(1605年)，东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔主持京察，浙党官员钱梦皋(gao）、钟兆斗等受贬谪。沈一贯大怒，搬出明神宗，深责主持的官员，并扣留京察的奏疏不发，从中阻梗。万历三十九年(1611年），秦党孙丕扬主持北京京察，东林党的官员与他联合，借以驱逐齐、楚、浙、宣、昆诸党。而南京的京察却为齐、楚、浙党主持，东林党人大受斥逐。万历四十五年(1617年)，浙党主察，为报复三十九年的京察，东林党人一时被逐殆荆天启三年(1623年)，东林党人主察，则又反过来大事报复。京察就这样成了各党排斥异己，打击政敌的最好机会。
明朝到了万历之时，各方面的矛盾更加激烈，社会危机正在加深。东林党人目睹政治的腐败，要求改革弊政，缓和日益尖锐、势将危及封建统治的阶级矛盾。他们在位时敢于弹劾执政大臣，抨击贪婪奸诈的太监，乃至上书皇帝，直言不讳地批评朝政弊病；削籍闲居时，则通过清议的方式，发表政治主张，议论朝政得失。著名东林党人顾宪成认为土大夫应该关心朝廷，关心民生，关心世道。他在讲学时说：在朝为官，志不在君父；在地方为官，志不在民生；闲居水边林下，志不在世道，这些都是君子所不能做的。这些话被传为一时名言，顾宪成及其同志被誉为清节榜(kua，美好、的意思)修、士林标准。曾任翰林院检讨的姚希孟，反对加派和滥征商税，他上奏疏说，明廷滥征滥派，使财赋根本之地十室九空，百姓忍受着竭泽而渔的痛苦，若不减轻人民的负担，势必要招致大水冲溃堤防一样的危险。明神宗好货成癖，派出许多矿监、税监，到处搜刮财货，欺压百姓，为非作歹。东林党人李三才担任右佥都御史总督漕运、巡抚风阳诸府期间，就曾揭发税监陈增的罪恶，裁抑其爪牙，捕杀其党羽，并且冒犯天颜，上疏批评神宗说：陛下爱珠玉，百姓也想温饱；陛下爱子孙，百姓也恋妻儿。那为什么陛下你要拼命地聚敛财宝，而不让小民满足一升一斗之需要呢？为什么你要延福万年，而木让小民享受朝夕之欢乐呢？他要求神宗罢天下矿监，并指出利害关系说，如果固执不改，一旦众叛土崩，小民皆为敌国，风驰尘鹜，乱众麻起，陛下块然独处，即使黄金盈箱，明珠填屋，谁为你守呢？东林党反对矿监税使的出发点是为了维护封建统治政权，但是也反映了工商业者要求限制封建掠夺的呼声，对资本主义萌芽起了一定的保护作用。
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