公元1至3世纪，浸礼派是流行于两河流域下游的所谓“诺斯提派”的一个支派，大致主张是：可见的现实世界是由黑暗和恶的势力形成的；人只有靠“去识”，即神秘的直觉知识，才能够了悟自己具有神性。这种宗教气氛弥漫的环境对摩尼的思想有深刻影响。
公元228年，摩尼12岁那年，天使陶恩指示他脱离浸礼教会。公元240年，摩尼24岁，天使陶恩向他作第二次指示，要他公开出面建教。这时他自视为圣灵和一切知识的化身，是由神派遣到人世的“光明使者”。他开始向周围人传教时并不成功，只有他父亲和另外两个信徒听信他。于是他决定出去周游，最先是到萨珊朝都城泰锡封，随后远游至梅克兰、印度西北部和中亚，大约过了一年多，他回到伊朗和巴比伦。
公元242年，萨珊朝开国君主阿达希尔逝世，其子沙卜尔一世继位。摩尼献给沙卜尔一部书，叫作《沙卜尔干》。他在此书开端写道：“智慧和善行时时由明神的使者传到人间。有一个时代由名叫佛陀的使者传到印度；又一个时代由名叫耶稣的使者传到西方。时至今日，启示又降下来，在最后这个时代，先知的职分落在我摩尼身上，由我作向巴比伦传达神的真理的使者。”
摩尼不只自认为是神所派遣的最后一个使者，他还要建立一个包含一切现存宗教的要义，不受地区和国界限制而为世人普遍信奉的宗教，他的思想深受沙卜尔一世欣赏。“普遍”宗教适合沙卜尔缔造帝国的需要。沙卜尔支持摩尼传播他的“普遍”宗教。
摩尼所宣扬的教义通常称为“二宗三际论”，所谓“二宗”是指宇宙的两种根本存在，即光明与黑暗：“三际”是指由光明与黑暗贯穿着的三个时代。他的神学的宇宙观内容大致如下：
初际，即第一个时代，“世界未立以前，尚无可见世界，只有无限的光明与无限的黑暗两界并存”，明界住着“大明尊”或“明父”，他拥有五个国土，叫作“微妙相”(官能)，“微妙心”(理性)，“微妙念”(思维)；“微妙思”(想象)；“微妙意”(意志)。这五个国土其实就是光明的五种品质。暗界住着黑暗三王，明暗两界只有一面相接，原本各自相安，宁静状态由于暗界的分子冲入明界而被破坏，初际于是告终。
中际，即中间的时代，也就是明暗二宗或两种势力长期反复斗争的时代。明界既遭黑暗侵入，大明尊于是召唤善母(即生命之母)，善母又召唤先意(即初人)抵御黑暗，保卫明界，摩尼说“召唤”或“化出”，不说“生出”，因生产或创造都会将光明分裂。先意披挂着所谓“五明子”甲胄御敌，战斗失败。五明子被众暗魔全部吞掉。先意请求明父救援。
明父又作第二次召唤。这一次召唤出来的是“明支”，“大般”(建筑者)和净风(活跃的精灵)，净风深入暗界，救出先意，杀死并支解众暗魔，暗魔吞下的光明分子被挤出来，由净风造成日月星辰；被支解了的暗魔，由善母用它们的皮肉、骨造成十天八地，为的是可以从中挤出更多的光明。大般是建筑者，他的任务应是修筑囚禁暗魔的“铁围四院”。可见世界于是开始形成。
最后，为了彻底解放被暗魔吞食的全部光明分子，大明尊又作第三次召唤。这一召唤出来的是惠明使。惠明使以其美妙的像出现在男女暗魔之前，在男暗魔之前现女像，在女暗魔之前现男像，使他们和她们因贪爱而吐出所有的光明分子。惠明使开动日月二大“明船”，由光明之柱运载“善子”回到光明的本界。但暗魔吐出光明分子时，还随着吐出了“罪恶”，那黑暗的东西落在大地上：一半在湿地(海洋)上，生出一个凶恶的妖怪，被杀死；一半在干地上，生出五树，是为一切植物的起源。原已怀孕的女暗魔的胎儿流产，落在大地上，产生陆海空中的各种动物。斗争至此尚未完结。黑暗之王和他的配偶仿照惠明使的形象生下亚当。亚当身上集中了被黑暗囚禁的光明分子的大部分。随后，夏娃也生下来，她的光明分子少些。就是由黑暗恶魔生下来的亚当和夏娃，他俩成为人类的祖先。亚当和夏娃有光明分子形成圣洁的灵魂，却被禁闭在不圣洁的肉体内。因此，大明尊派遣夷数(耶稣)下界唤醒沉睡中的亚当，使他认识他自己的光明本性和宇宙的由来。夷数叫亚当尝生命树(知识树)的果实。亚当于是彻悟，悲痛呼号道：“愿灾害降给创造我身的妖魔，愿灾害降给将我灵魂囚禁在肉体里的妖魔，愿灾害降给那使我成为奴隶的反叛者!”
亚当虽然痛楚肉体囚禁了他的灵魂，因而决定恢复纯洁的本性，但后来终于忘却自制，又与夏娃生了悉特。人类是悉特的后裔，于是光明又遭囚禁。摩尼以为，人必须克制情欲，抛弃物质享受，锻炼纯洁的本性，成为“新人”，以便上升永远光明境界，永享极乐。
但上升并不是一件简单的事。依照摩尼的教义，人有三类：第一类是他的教团中的僧众“电忽那”，那“虔诚信教者”，严守戒律，不婚，不拥有私产，“平一易衣，日受一食”，不肉食，不杀生，不能采摘果实乃至种植谷物。因为这一切都有碍于解放光明。为此，他们常被称为“清静电那勿”，他们死后，还由“光明三柱”引向明界。第二类是摩尼教的一般教士，即所谓“听者”。他们虽然也遵守某些戒律，但仍过着一般的世俗生活，死后要经过多少次轮回，等到完全净化，才得上升。第三类是恶人，他们死后只有在凄惨绝望中飘荡，直到世界末日，到那时，一切光明分子重返明界，恶人堕入无明深坑。宇宙崩溃，熊熊烈火，无边无际，延烧1468年。这就是中际的最后结局，也是后际这最后一个时代的开端。
后际实际上是初际的重现，光明与黑暗永远分离。光明与黑暗在中际的多次反复斗争，结果只是恢复到初际两者并存的状态。光明毕竟不能照亮黑暗，使无明世界出现光明。
总的来看，摩尼的教义是极端的二元论神学和悲观主义的世界观。它在本质上反映伊朗奴隶制危机时期被压迫被奴役的人民大众对现实的不满。当然，这种寄希望于虚幻的明界天堂的宗教不可能给人民大众指引摆脱压迫和奴役的出路。但在教人忍受残酷的现实的同时，它也指出了一个消极抵抗现实的原则，那就是对生育和生产概予否定，这一点确为摩尼教义所独有，而也就是由于这一点，使得它不能长久见容于萨珊朝的统治者。
摩尼被关进伊朗西南部恭德沙卜尔城的监狱，受尽酷刑，于公元277年2月27日死在狱中。
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