广州大元帅大本营对陈炯明的进攻并不惧怕，决定讨伐陈炯明这个叛逆。1925年1月15日，广州政府将所辖许崇智的建国粤军、杨希闵的建国滇军、刘震寰的建国桂军、谭延闿的建国湘军以及黄埔军校的学生队和两个教导团组成了东征联军，以杨希闵为联军总司令，正式讨伐陈炯明。2月1日，第一次东征开始。在东征联军中，担任左、中两路的滇军和桂军，是一支表面上对革命政权忠心但内心却心怀异志的队伍。他们内心其实不想东征，企图保存实力，并伺机乘乱夺取广州。所以，东征开始后，并不积极进攻，而是采取消极观望的态度。这样，实际上在东征中起主要作用的就只剩下担任右路的粤军和黄埔军校教导团。他们成为主要战斗力量。而且，这支队伍战斗力很强。
粤军由许崇智任总司令，蒋介石任参谋长，下辖张民达的第二师，许济的第七旅，陈铭枢的第一旅，欧阳驹的警卫旅等。黄埔军校教导团由黄埔军校教职员和第一期毕业生担任各级干部，有一些共产党员、共青团员起了骨干作用。这支部队在苏联军事顾问指导下，仿效苏联红军实行了系统完整的编制并实行党代表制，平常进行系统严格的训练，因此战斗力很强，战斗中起了很大作用，令一些旧军队刮目相看，也使那些反动军队闻风丧胆。2月4日，东征军先克东莞县城。蒋介石在东莞商会欢迎东征军大会上讲话指出：“我军是真正革命军，以革害国害民贼之命为目的，我军为救国救民而来。人民有痛苦，我军必使之无痛苦，这与其他军队给人民带来痛苦是截然不同的。现在广东军队，多如牛毛且腐败得不成样子，都是因为他们不是真正的革命军。真正的革命军为保护人民而战，纵无衣食，亦不扰民。”东征军接着兵发淡水，淡水城壕既深且宽，易守难攻。当晚，东征军组织了攻城奋勇队。周恩来布置各级党代表和共产党员、青年团员，踊跃报名参加。15日拂晓，在共产党员和共青团员的带领下，淡水被顺利攻克。东征军乘胜追击，占领陈炯明老家海丰。陈炯明出逃香港。
陈炯明叛军被消灭了，这时滇桂军却又生叛乱。5月下旬，蒋介石和周恩来又率领教导团班师回穗，平定了滇桂军阀杨希闵、刘震寰企图夺取广东革命政权的武装叛乱，消灭了这些祸患，巩固了新生的革命政权。
1925年秋天，陈炯明乘东征军回师广州之机，死灰复燃，卷土重来，再度占据了整个东江地区。他还伙同南路军阀邓本段一致行动，夹击广州。
为打倒军阀，统一广东，国民政府作出了第二次东征的决定。这次东征以蒋介石为总指挥，周恩来为总政治部主任，顾问罗嘉觉夫，出兵东江和南部。
东征军编为3个纵队：第一纵队队长何应钦，第二纵队队长李济深，第三纵队队长程潜，共3万余人。
10月10日，东征军进抵惠州城外。惠州城自古号称“南中国第一天险”，三面环水，一面枕山，据说历史上从未被攻破过。陈炯明集团因此很嚣张，惠州的城防司令杨坤如更是狂言，“凭东征军这几杆破枪休想攻占惠州城。”也难怪杨坤如如此自大，惠州城城墙全是用大青石板堆砌而成的，又高又厚，炮火很难摧毁，孙中山生前屡次组织兵力进攻，都未能奏效。蒋介石搞阴谋政治有一套，军事上却不行。面对要地坚城，他却一味强攻。东征军组织了好几次冲锋，死伤惨重，攻不下惠州，蒋介石由自大一下子变成没有自信，提出放弃惠州，改道前进的主张。他的这种观点遭到周恩来的批评。他说：“攻下惠州，藩篱撤而破竹之势成，对整个战局将有决定性的意义，而且还有重大的政治影响。而罢兵改道，则意味着初战失利，动摇军心，显然对东征全局极为不利。”蒋介石依然自卑得很，但在周恩来的一再坚持和解释下，接受了周恩来提出的“三面围攻，网开一面，待敌外逃，聚而歼之”的破城方案。周恩来又召集蒋先云、张际春、傅维钰、王逸常等人开会，要求他们带动广大中共党员和共青团员，不怕牺牲，冲锋在前。攻城开始后，东征军集中炮火，猛轰北门。接着一架架云梯架了起来，敢死队员争先攀登。他们的不怕死精神吓坏了守城的反动部队，纷纷逃跑。东征军终于占领了惠州城。杨坤如也被弹片打伤，狼狈从东门逃命。攻下惠州城后，苏联顾问罗嘉觉夫说：“惠州要塞实际是共产党人拿下来的，他们的意志比攻不破的城墙还要坚硬。”
东征军乘胜追击，连克海陆丰、紫企、老隆等地，锋芒直指陈炯明盘踞的老巢。在蒋介石看来，潮梅指日可克。于是蒋介石等开始轻敌起来。10月27日下午，蒋介石一行进至五华县的羊高墟时，突然陷入林虎属下的黄任寰部的围攻，牺牲了自团长以下1000多名官兵。兵败如山倒，蒋介石一看局势如此，惶恐几不能自制，竟欲自杀。陈赓时任总指挥部下护卫，他劝慰蒋介石说：“胜败乃兵家常事，何况这是一个新编过来的师，校长何出此言！校长是总指挥，考虑的应该是战争的全局。这里太危险，请校长赶快离开。”陈赓背上蒋介石，迅速地撤到安全地带。陈赓又越过崎岖的山路，一昼夜赶路100多里，在河婆找到了周恩来，周恩来和何应钦立即派出一支部队接回了蒋介石。东征军在不利状况下，组织了河婆战役。东征军吸取教训，采用大范围的灵活战术，经过几天奋战，打败了林虎、张兆麟部主力，扭转了华阳失利的局面。第二次东征以宣告胜利结束。
东征胜利后，东征军总政治部进驻汕头市，蒋介石也率总指挥部抵达汕头。汕头数万市民箪食壶浆，迎接东征军登岸。7日，全市性的欢迎东征军大会召开，蒋介石和周恩来分别发表演说。胜利的鞭炮声响彻云霄。
东征结束后，国民政府在东江设立了潮梅绥靖公署，何应钦为主任，周恩来为东江各属行政委员长。
这样，广东革命根据地得到了统一，革命政权得以稳定，并逐渐发展壮大，为以后出师北伐统一全国奠定了基础。所以，两次东征在历史上具有重要的革命意义。
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