正在这时，樊崇率领20万赤眉军来攻打长安，推翻了更始帝刘玄。但他们却立了一个15岁的放牛娃刘盆子为皇帝，据说他的血统跟西汉皇族最为接近。
赤眉军占领长安后，地主武装却不支持赤眉军，对他们实行经济封锁，掐断了赤眉军的粮食供应线。赤眉军无法，只好带兵北上。
这时，光武帝手下有一员战将叫邓禹，年轻气盛，根本没有把赤眉军放在眼里，想乘赤眉军北上时消灭赤眉军。于是他率军在长安城内做好了埋伏。
向北方挺进的赤眉军，由于受到狂风暴雪的袭击冻死冻伤无数。樊崇没有办法，只好又掉头返回。
邓禹一看赤眉军又返回来，心想：你们又饿又冷又疲劳，我让你们死无葬身之地。所以他亲自率军阻截。哪里想到，赤眉军时穷节乃现，十分英勇，打得邓禹的军队连连后撤。赤眉军又进驻了长安城。
刘玄的遗部李宝也想乘赤眉军危难之际，彻底打败他们，所以率领大军突袭长安城。邓禹被赤眉军打败，心有不甘，一看李宝率领大军攻打长安，也立即率兵攻打长安。他想，两路大军一定能大败赤眉军，然后他再找机会消灭李宝的军队。但是他们都想错了，赤眉军同心协力，一路打李宝，一路打邓禹，奋勇杀敌。赤眉军又取得了很大的胜利。
赤眉军进驻长安后，地主和富商屯积粮食，长安又发生了饥荒，天天有人饿死。樊崇没有办法，只好率军西进，但西边也发了饥荒，也找不到粮食，而且豪强地主处处拦击他们。没有别的路可走了，赤眉军只好向东挺进。光武帝以为这是消灭赤眉军的一个良机，便派孟津将军、阳夏侯冯异领兵出战。
冯异惧怕赤眉军的实力，不敢直接交锋，始终处于僵持状态。光武帝又派邓禹前去支持。但邓禹和冯异关系紧张，无法合力作战。
光武帝有些焦急，三次下令邓禹火速出击。邓禹没办法，下决心和赤眉军决一死战。
有一天，邓禹听说赤眉军正在湖阳运粮，立即带领大军去抢粮。因为军粮供应迟缓，邓禹的军队总吃不饱饭。邓禹率领大军追上赤眉军，一看有粮食，眼都红了，奋勇杀敌。赤眉军也不恋战，边打边撤，过了一会儿，赤眉军都跑光了。邓禹的军队哈哈大笑，但是一搬粮袋，觉得太重了，用剑一挑开，里边原来是泥土。邓禹知道上当了，可就在这时，赤眉军漫山遍野，如猛虎下山一样，和邓禹的军队展开了激战。邓禹大军被打得四处逃窜。邓禹见势不好，只好带领残兵败将撤下来，冯异及时增援，邓禹的性命才算保住。二人看着残兵败将，反而和好了，开始共同思考如何打败赤眉军。冯异对邓禹说：“将军，赤眉军果然很厉害，如果我们硬拼，肯定不是他们的对手，何况我们刚刚打了败仗，他们士气正旺，我们不如想一想别的办法，智取赤眉军。”二人在帐中，整整憋了好几天，终于想出了一条妙计。
邓禹派人给赤眉军下战书，约定时间和地点会战。冯异带领军队和赤眉军展开正面战斗。冯异带的人马不多，边打边撤，老实忠厚的农民军不知是计，一看冯异撤了下去，立即派兵追杀。到了崤山下，冯异不再撤了，和赤眉军展开了激战。而正在这时，埋伏在周围的汉军一起冲了上来。这些汉军打扮得和赤眉军一样，但他们在头上做了暗记，能分辨出敌我来，而赤眉军并不知道，一时间乱了方寸，根本分不清哪些是汉兵，哪些是赤眉兵，只好等着挨杀。有的赤眉兵气坏了，抢起大刀就砍，有时砍死的都是自己的弟兄。赤眉军被打得晕头转向，正在这时，冒充赤眉军的汉兵大喊：“投降，投降！”其他的赤眉军也纷纷跟着投降，因为他们也知道，不投降，也分不清敌我来，只有死路一条。这一战，打死打伤赤眉军有几万人，收编投降的赤眉军也有八、九万人。樊崇一看大势不好，带领着剩下的10来万赤眉军，向宜阳(今河南宜阳县)方向逃去，而这里边仍然有冒充赤眉军的汉军。
光武帝得知赤眉军逃跑的方向后，早已做好了埋伏。樊崇刚一到，还没来得及喘气,光武帝就率领人马杀了过来，而冒充赤眉军的汉军也在队伍中杀开了。赤眉军又乱了，再加上一路劳累，根本没有战斗力了。
樊崇知道再战下去，非得全军覆灭不可，他为了保住这些弟兄的性命，便和光武帝谈判。
光武帝答应了樊崇的要求：不杀刘盆子和投降的赤眉军。
光武帝为了稳住军心，立即派人给这些投降的赤眉军准备了一顿丰盛的饭菜。赤眉军觉得光武帝体贴民心，都归顺了光武帝。
轰轰烈烈的农民起义就这样彻底失败了。
光武帝把刘盆子、樊崇等诸多将领带回洛阳，赐给他们房屋和良田，让他们在洛阳附近安家落户。
樊崇虽然在洛阳有了住处，但他知道光武帝是不会放过他的。果然不出所料，没过多久，光武帝便找借口，说樊崇等人密谋造反，下令逮捕。
樊崇临死前，对光武帝说：“陛下，我知道我早晚必有一死，但是你不能背信弃义，决不能杀了我的弟兄们！”
光武帝心里默默佩服樊崇，但他知道留着樊崇后患无穷，还是杀了他。光武帝没有杀赤眉军战士，而是将其他的将领找借口杀了。赤眉军的势力彻底被消灭了。
光武帝奖赏了邓禹、冯异及全体将士，赐给冯异、邓禹无数金银珠宝，命他们继续镇压农民起义。
汉军施计，巧败赤眉军，确保了汉室江山的安全。
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